เดิมทีวัดแห่งนี้เป็นวัดของประชาชน ชาวบ้านเรียกกันว่า "วัดเสโมแคร็ง" เพราะมีต้นเสโมรงแคร็งขึ้นอยู่มากมาย บางคนเชื่อว่า "เสโม" อาจเป็นคำที่แปรมาจากคำว่า "หิน" ดังนั้นชื่อเดิมของวัดน่าจะหมายถึง "หินแข็ง" สมเด็จพระเจ้าอยู่หัวมหาสุรสิงหนาถ เจ้าฟ้าสำนักพระราชวังหน้าในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงให้บูรณะวัด ต่อมา สมเด็จพระเจ้าอยู่หัวสัมพันธวงศ์เถียรเจ้าฟ้าพิธกมนตรี พระโอรสของพระนางศรีสุดารัตน์ พระเชษฐาของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 1 ผู้ทรงเป็นบรรพบุรุษของราชวงศ์มนตรีกุล) ทรงดำเนินการบูรณะต่อ โดยมีสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวกุญจรรย์ พระโอรสของพระบาทสมเด็จพระพุทธลอยทลนพลัย พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 2 ผู้ทรงเป็นบรรพบุรุษของราชวงศ์กุญจรรย์) เป็นผู้อุปถัมภ์ หลังจากพระองค์เสด็จสวรรค์ สมเด็จพระเจ้าอยู่หัวสิงหนาถราชดุรงค์กฤต พระโอรสของพระองค์ ทรงอุปถัมภ์วัดต่อ วัดจึงได้รับการสนับสนุนจากทายาทของตระกูลกุญจรรย์ต่อมา ในสมัยรัชกาลที่ 4 วัดแห่งนี้ได้รับการยกฐานะเป็นวัดหลวงและเปลี่ยนชื่อเป็นวัดเทวราชกุญญ์ โดยคำว่า "เทวราช" ซึ่งหมายถึง "พระอินทร์" ถูกนำมาวางไว้หน้าชื่อของเจ้าชายกุญญ์ ซึ่งหมายถึง "ช้าง" ดังนั้นชื่อจึงแปลว่า "ช้างของพระอินทร์" ปัจจุบันวัดแห่งนี้ได้รับการขึ้นทะเบียนโดยสำนักศิลปกรรมเป็นโบราณสถานสำคัญ